功能区的划分是自然保护区科学管理的基础。根据化龙山保护区内自然资源特点、保护对象的分布及保存状况、自然环境特点、保护目的等实际情况，充分利用以往林业调查、科学考察及专题调查成果将化龙山自然保护区划分为三个功能区，即核心区、缓冲区、实验区。

 　　1、核心区 主要包括浪河主要流域、斐河源头的纸房沟上游、银洞沟、大盘溪等及化龙山主峰至蒿本山山岭西坡的上部。浪河流域由于交通极为不便，自然植被从未受到人为干扰和破坏，分布有典型的亚热带山地森林生态系统，大果青扦，珙桐，连香树等多种濒危珍稀植物。同时又是豹、熊等多种野生动物的栖息地。面积11923m²，占保护区总面积的42.4%。

 　　2、缓冲区 主要包括纸房沟中下部、交阳河的中部、化龙山主峰至蒿本山山岭西坡的部分区域中下部，以及距核心区界300-500m的范围。该区内，人为活动较少，自然生态系统比较完整，主要保护对象分布较多，以原生生态系统为主，也有少量次生生态系统存在。面积3914m²，占保护区总面积的13.9%。

 　　3、实验区 除核心区、缓冲区以外的区域，主要包括岚河流域的猪槽沟以及浪河下游、母溪河下游、竹溪河下游等。该区人为活动相对频繁，自然生态系统已很不完整，次生生态系统占很大比例，野生动植物种类及数量相对较少。面积12266m²，占保护区总面积的43.6%。

　　

　 二　巡护管理

 

　　化龙山自然保护管理局下属的八仙、上竹、曾家、牛头店四个保护站，按照管理局重新修订后的《巡护管理办法》，结合各自辖区的实际特点，重新制定了野外巡护路线，巡护面积可覆盖保护区的90%以上，重点防火区域和重点防盗猎区域巡护覆盖面100%。各站管护区域如下：

 　　1、八仙保护站管护区域位于保护区西部，面积6701hm²，占保护区面积的23.8%。主要保护对象为分布于化龙山坡顶的巴山冷杉林、高山草地、针阔叶混交林，以及分布于四岔河流域的珙桐、连香树等国家重点保护植物的种群及生境，以及云豹、林麝、红腹角雉等国家重点保护动物及其栖息地。

 　　2、上竹保护站管护区域位于保护区的南部，面积6503hm²，占保护区面积的23.1%。主要保护对象是浪河上游、北浪河游域保存完整的森林生态系统，巴山冷杉林、高山草地、针阔混交林等多种植被群系，以及华南虎、云豹、林麝、红腹角雉等国家重点保护动物及其栖息地。

 　　3、牛头店保护站管护区域位于保护区的东部，面积8204 hm²，占保护区面积的29.2%。主要保护对象是浪河流域的常绿落叶阔叶林、常绿阔叶林所形成的群落系统，兰科植物、珙桐、连相树等国家重点保护植物的种群及生境以及云豹、大鲵、林麝、红腹角雉等国家重点保护动物及其栖息地。

 　　4、曾家保护站管护区域位于保护区的东北部，面积6695 hm²，占保护区面积的23.9%。主要保护对象是高山草地、落叶阔叶林所形成的群落系统，兰科植物，以及云豹、黑熊、林麝等野生动物及其栖息地。